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北門嶼教會位於烏腳病醫療紀念館區域內，一旁就是有著絕美夕陽的永隆溝，白色教堂營造出北門鹽鄉的白色浪漫，常有新人到此拍攝婚紗，除了教會建築本身，後方的小白宮也成為許多人拍照的取景地點。

教會的設立大約在西元1959年，是為了當地受到烏腳病所苦的病患所設，當時居民因常年喝含砷的地下水而得到烏腳病，病患最後常必須截肢，許多患者因此承受病痛的磨難，教會的設立也讓他們得到心靈上的救贖與寄託，當時教會與王金河醫師合作，教會以信仰治療心理，醫生以醫學治療疾病，至今仍受到許多北門民眾的景仰，也讓北門嶼教會成為北門鹽鄉重要的記憶。